managing your biological data with python chapman hall crc mathematical and computational biology

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Managing Your Biological Data With Python

Author : Allegra Via
ISBN : 9781439880937
Genre : Science
File Size : 73. 63 MB
Format : PDF, Docs
Download : 772
Read : 470

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Take Control of Your Data and Use Python with Confidence Requiring no prior programming experience, Managing Your Biological Data with Python empowers biologists and other life scientists to work with biological data on their own using the Python language. The book teaches them not only how to program but also how to manage their data. It shows how to read data from files in different formats, analyze and manipulate the data, and write the results to a file or computer screen. The first part of the text introduces the Python language and teaches readers how to write their first programs. The second part presents the basic elements of the language, enabling readers to write small programs independently. The third part explains how to create bigger programs using techniques to write well-organized, efficient, and error-free code. The fourth part on data visualization shows how to plot data and draw a figure for an article or slide presentation. The fifth part covers the Biopython programming library for reading and writing several biological file formats, querying the NCBI online databases, and retrieving biological records from the web. The last part provides a cookbook of 20 specific programming "recipes," ranging from secondary structure prediction and multiple sequence alignment analyses to superimposing protein three-dimensional structures. Tailoring the programming topics to the everyday needs of biologists, the book helps them easily analyze data and ultimately make better discoveries. Every piece of code in the text is aimed at solving real biological problems.

Mathematical Models Of Plant Herbivore Interactions

Author : Zhilan Feng
ISBN : 9781351650175
Genre : Mathematics
File Size : 90. 84 MB
Format : PDF
Download : 708
Read : 710

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Mathematical Models of Plant-Herbivore Interactions addresses mathematical models in the study of practical questions in ecology, particularly factors that affect herbivory, including plant defense, herbivore natural enemies, and adaptive herbivory, as well as the effects of these on plant community dynamics. The result of extensive research on the use of mathematical modeling to investigate the effects of plant defenses on plant-herbivore dynamics, this book describes a toxin-determined functional response model (TDFRM) that helps explains field observations of these interactions. This book is intended for graduate students and researchers interested in mathematical biology and ecology.

Introduction To Mathematical Oncology

Author : Yang Kuang
ISBN : 9781498752978
Genre : Mathematics
File Size : 42. 59 MB
Format : PDF, Kindle
Download : 830
Read : 262

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Introduction to Mathematical Oncology presents biologically well-motivated and mathematically tractable models that facilitate both a deep understanding of cancer biology and better cancer treatment designs. It covers the medical and biological background of the diseases, modeling issues, and existing methods and their limitations. The authors introduce mathematical and programming tools, along with analytical and numerical studies of the models. They also develop new mathematical tools and look to future improvements on dynamical models. After introducing the general theory of medicine and exploring how mathematics can be essential in its understanding, the text describes well-known, practical, and insightful mathematical models of avascular tumor growth and mathematically tractable treatment models based on ordinary differential equations. It continues the topic of avascular tumor growth in the context of partial differential equation models by incorporating the spatial structure and physiological structure, such as cell size. The book then focuses on the recent active multi-scale modeling efforts on prostate cancer growth and treatment dynamics. It also examines more mechanistically formulated models, including cell quota-based population growth models, with applications to real tumors and validation using clinical data. The remainder of the text presents abundant additional historical, biological, and medical background materials for advanced and specific treatment modeling efforts. Extensively classroom-tested in undergraduate and graduate courses, this self-contained book allows instructors to emphasize specific topics relevant to clinical cancer biology and treatment. It can be used in a variety of ways, including a single-semester undergraduate course, a more ambitious graduate course, or a full-year sequence on mathematical oncology.

Statistical Modeling And Machine Learning For Molecular Biology

Author : Alan Moses
ISBN : 9781482258622
Genre : Mathematics
File Size : 53. 29 MB
Format : PDF
Download : 177
Read : 437

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Molecular biologists are performing increasingly large and complicated experiments, but often have little background in data analysis. The book is devoted to teaching the statistical and computational techniques molecular biologists need to analyze their data. It explains the big-picture concepts in data analysis using a wide variety of real-world molecular biological examples such as eQTLs, ortholog identification, motif finding, inference of population structure, protein fold prediction and many more. The book takes a pragmatic approach, focusing on techniques that are based on elegant mathematics yet are the simplest to explain to scientists with little background in computers and statistics.

Kompendium Systembiologie

Author : Andreas Kremling
ISBN : 9783834886071
Genre : Science
File Size : 22. 93 MB
Format : PDF, ePub, Docs
Download : 190
Read : 792

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Das Buch beschreibt die Grundlagen der mathematischen Modellierung zellulärer Systeme. Nach einer Klassifikation von Modellen wird schwerpunktmäßig auf deterministische Modelle eingegangen und für alle relevanten zellulären Prozesse entsprechende Gleichungen angegeben. Anschließend werden eine Reihe von Verfahren zur Modellanalyse vorgestellt. Etwas kürzer werden Verfahren zum Reverse Engineering und zur Analyse von Netzwerkgraphen abgehandelt. Am Ende werden noch Verfahren der Parameteridentifikation besprochen.

Angewandte Bioinformatik

Author : Paul M. Selzer
ISBN : 9783662541357
Genre : Science
File Size : 81. 57 MB
Format : PDF
Download : 411
Read : 325

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Für Studierende und Wissenschaftler der Lebenswissenschaften schafft dieses Buch einen schnellen, strukturierten Zugang zur Angewandten Bioinformatik ohne Programmierkenntnisse oder tiefgehende Informatikkenntnisse vorauszusetzen. Es bietet eine Einführung in die tägliche Anwendung der vielfältigen bioinformatischen Werkzeuge und gibt einen ersten Überblick über das sehr komplexe Fachgebiet. Die Kontrolle des vermittelten Stoffs wird durch Übungsbeispiele mit Lösungen gewährleistet. Ein Glossar der zugrundeliegenden Fachtermini sowie ein ausführliches Sachverzeichnis runden das Buch ab. Für die 2. Auflage wurde das Werk umfassend aktualisiert.

Einf Hrung In Die Computerorientierte Mathematik Mit Sage

Author : Thorsten Theobald
ISBN : 9783658104535
Genre : Computers
File Size : 38. 16 MB
Format : PDF
Download : 120
Read : 1253

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Das an Studienanfänger der Mathematik gerichtete Lehrbuch bietet eine breit angelegte Einführung in verschiedene Facetten der computerorientierten Mathematik. Es ermöglicht eine frühzeitige und wertvolle Auseinandersetzung mit computerorientierten Methoden, Denkweisen und Arbeitstechniken innerhalb der Mathematik. Hierzu werden grundlegende mathematische Teilgebiete behandelt, die eine enge Beziehung zu computerorientierten Aspekten haben: Graphen, mathematische Algorithmen, Rekursionsgleichungen, computerorientierte lineare Algebra, Zahlen, Polynome und ihre Nullstellen. Anhand des mathematischen Kernstrangs werden Einblicke in die Modellierung, Analyse und algorithmische Aufbereitung fundamentaler mathematischer Sachverhalte gegeben. Eine Besonderheit des Buches ist die Verwendung des sich immer stärker in Forschung und Lehre verbreitenden, frei verfügbaren Software-Systems Sage. Das Buch eignet sich besonders gut zur Komplementierung der klassischen Grundvorlesungen in Analysis und linearer Algebra.

Struktur Und Interpretation Von Computerprogrammen

Author : Harold Abelson
ISBN : 9783642977275
Genre : Computers
File Size : 49. 11 MB
Format : PDF, Docs
Download : 982
Read : 277

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Kontaktmechanik Und Reibung

Author : Valentin Popov
ISBN : 9783662459751
Genre : Technology & Engineering
File Size : 49. 17 MB
Format : PDF, Docs
Download : 805
Read : 1129

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Das anwendungsorientierte Buch führt in den Zusammenhang von Kontaktmechanik und Reibung ein und ermöglicht damit ein tieferes Verständnis der Tribologie. Es behandelt die eng zusammenhängenden Phänomene Kontakt, Adhäsion, Kapillarkräfte, Reibung, Schmierung und Verschleiß unter einem einheitlichen Gesichtspunkt. Der Autor geht ein auf (1) Methoden zur groben Abschätzung von tribologischen Größen, (2) Methoden zur analytischen Berechnung in einem minimal erforderlichen Umfang und (3) den Übergang zu numerischen Simulationsmethoden. Damit vermittelt er einen einheitlichen Blick auf tribologische Prozesse in verschiedenen Skalen (von der Nanotribologie bis zur Erdbebenforschung). Auch systemdynamische Aspekte von tribologischen Systemen, wie Quietschen und seine Bekämpfung sowie andere Typen von Instabilitäten und Musterbildung werden vermittelt. Aufgaben mit durchgerechneten Lösungen zu einzelnen Kapiteln dienen der Vertiefung und praktischen Anwendung des behandelten Stoffs. Neu an der 3. Auflage sind: eine ausführlichere Darstellung der elastohydrodynamischen Schmierung, ein erweitertes und aktualisiertes Kapitel zu numerischen Simulationsmethoden in der Kontaktmechanik, die Erweiterung des Kapitels „Verschleiߓ durch Diskussion und Berechnung von Fretting sowie zahlreiche neue Aufgaben und Fallbeispiele, welche den Wert des Buches als Nachschlagewerk wesentlich erhöhen.

Raspberry Pi Kochbuch

Author : Simon Monk
ISBN : 9783960101185
Genre : Business & Economics
File Size : 53. 30 MB
Format : PDF, ePub, Mobi
Download : 763
Read : 290

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Das Raspberry-Pi-Universum wächst täglich. Ständig werden neue Erweiterungs-Boards und Software-Bibliotheken für den Single-Board-Computer entwickelt. Die zweite Ausgabe dieses beliebten Kochbuchs bietet mehr als 240 Hands-on-Rezepte für den Betrieb des kleinen Low-Cost-Computers mit Linux und für die Programmierung des Pi mit Python. Außerdem erläutert es die Anbindung von Sensoren, Motoren und anderer Hardware, einschließlich Arduino und das Internet der Dinge. Power-Maker und Autor Simon Monk vermittelt grundlegendes Know-how, das Ihnen hilft, auch neue Technologien und Entwicklungen zu verstehen und so mit dem Raspberry-Pi-Ökosystem mitzuwachsen. Dieses Kochbuch ist ideal für Programmierer und Bastler, die mit dem Pi bereits erste Erfahrungen gemacht haben. Alle Codebeispiele sind auf der Website zum Buch verfügbar. - Richten Sie Ihren Raspberry Pi ein und verbinden Sie ihn mit dem Netz. - Arbeiten Sie mit seinem Linux-basierten Betriebssystem Raspbian. - Lernen Sie, den Pi mit Python zu programmieren. - Verleihen Sie Ihrem Pi "Augen" für Anwendungen, die maschinelles Sehen erfordern. - Steuern Sie Hardware über den GPIO-Anschluss. - Verwenden Sie den Raspberry Pi, um unterschiedliche Motoren zu betreiben. - Arbeiten Sie mit Schaltern, Tastaturen und anderen digitalen Eingaben. - Verwenden Sie Sensoren zur Messung von Temperatur, Licht und Entfernung. - Realisieren Sie auf verschiedenen Wegen eine Verbindung zu IoT-Geräten. - Entwerfen Sie dynamische Projekte mit Raspberry Pi und dem Arduino.

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